Те, кто много лет подряд приезжал с удочками на Рыбинское водохранилище, наверняка, замечали, что рыбы с начала 90-ых годов становилось все меньше и меньше. Конечно, можно говорить о том, что раньше и деревья были выше и трава зеленее, однако о резком снижении численности обитателей водохранилища говорят и ученые. Катастрофическое сокращение популяции произошло по двум основным причинам.

Как указывается в работе Ю.В. Герасимова «Популяционная динамика рыб Рыбинского водохранилища за период его существования: роль естественных и антропогенных факторов», численность снизилась из-за браконьерства и потепления климата.

Потепление послужило основной причиной резкого снижения численности доминировавшей до 1996 года относительно холодолюбивой европейской корюшки. Из-за него в Рыбинское водохранилище вселилась черноморско-каспийская тюлька, которая заменила в пелагических скоплениях практически исчезнувшую к этому времени европейскую корюшку.

Тюлька стала основным кормовым объектом для хищных рыб, заменив исчезнувшую европейскую корюшку. Повышение температуры имело и определённые негативные последствия, связанные с качеством водной среды. Впервые ухудшение летнего кислородного режима зарегистрировали в аномально жарких июле и августе 2010 года. Тогда температура воды в водохранилище у дна повысилась до 25 °C. Аноксия наблюдалась на глубине более 5 м (3–5 м над дном), она сопровождалась интенсивным выделением газов из донных отложений. К 2013 году количество участков с содержанием кислорода менее 4 мг/л достигло 20–25% акватории, максимальная мощность слоя с дефицитом кислорода увеличилась с 5 до 7 м над дном.

Дефицит кислорода — основная причина уменьшения численности моллюсков-фильтраторов, наблюдаемого в донных сообществах водохранилища. Их вклад в общую фильтрацию воды гидробионтами снизился в 5–7 раз (с 40 до 6–8%). Это уже сейчас сказывается на самоочищающей способности вод водохранилища и, вероятно, приведёт к дальнейшему её снижению и ухудшению качества воды в ближайшем будущем, говорится в работе. Ухудшение кислородного режима в придонном слое заметно сказалось на численности популяции ерша, одного из самых многочисленных мелких донных видов рыб Рыбинского водохранилища. В течение 1990-х годах он практически исчез из уловов, тогда как в 1970–80-е года занимал третье по численности место в уловах донным тралом (до 20% общей численности).

Снижение численности корюшки и ерша негативно сказалось на темпе линейного и весового роста судака. Аналогичная картина наблюдается и с налимом, но это, скорее всего, вызвано потеплением.

Уловы налима в Рыбинском водохранилище в начале 60-х достигали 500 тонн. В промысловых уловах встречались особи в возрасте до 11 лет. В период 1990–2002 годах уловы снизились с 200 до 50 тонн. В 2009 году промысловые уловы налима начали вновь увеличиваться, но при этом произошло снижение показателей линейного и весового роста. Нерестовое стадо налима состояло из особей шести возрастных групп. Доминировали по численности особи в возрасте 3 и 4 лет, т. е. поколения 2005–2006 годов. После аномально жаркого лета 2010 года запасы налима опять резко сократились и в настоящее время находятся на очень низком уровне.

Заметное влияние на среду обитания в водохранилище оказало снижение численности такого моллюска, как речная дрейссена (D. polymorpha). Основная причина — уменьшение твёрдых субстратов (пней, коряг и топляков), используемых моллюском для прикрепления. Значимость Dreissena polymorpha для рыбного населения Рыбинского водохранилища заключается в том, что данный моллюск стал играть значительную роль в питании плотвы, густеры и леща. Переход плотвы на питание этим кормовым организмом способствовал её дивергенции на две экологические расы: моллюскоядную, или глубоководную, и растительноядную, или прибрежную, различающиеся темпом роста, упитанностью и жирностью. В результате плотва стала важнейшим объектом промысла.

В 1990-е и 2000-е наблюдался переход значительной части популяции плотвы на смешанное питание, что отразилось на ряде признаков. Современная плотва по темпу роста, абсолютной плодовитости, фенотипу позвоночника и некоторым меристическим признакам занимает некоторое промежуточное положение, имея признаки сходства с растительноядной и моллюскоядной морфами, однако находится всё же несколько ближе к растительноядной

Конечно, огромную роль в снижении популяции рыбы в водохранилище сыграло браконьерство. Сотрудники магазина рыбалка-плюс.рф помнят, как после распада СССР оказавшиеся в один момент никому не нужными тысячи рабочих и инженеров выживали благодаря наличию рыбы в водохранилище. Ее либо ловили самостоятельно, либо покупали у браконьеров, которые сбывали уловы по доступным для оставшихся без работы людей ценам.

В 1990-е годы естественные причины, во многом определявшие динамику численности промысловых рыб водохранилища в предшествующие годы, перестали быть столь очевидными. В этот период промысловая нагрузка стала расти непропорционально существующим запасам, промысел на водохранилище приобрёл практически нерегулируемый характер и при этом резко возрос уровень нелегального изъятия рыбы.

Подобное увеличение промысловой нагрузки за счёт интенсивного браконьерства в течение 4–5 последующих лет привело к подрыву запасов. В результате промысловые уловы к концу 1990-х годов резко снизились и стабилизировалась на самом низком за всё время существования водохранилища уровне. То, что причиной этого стало браконьерство, подтверждается данными по другим (не рыбным) элементам экосистемы Рыбинского водохранилища, которые не показали столь значительного снижения продуктивности.